Durante una reunión de las Fuerzas de Autodefensa de Japón (JSDF) para el posible regreso de Godzilla, el almirante Taizo Tachibana informa a los cadetes sobre el primer ataque de Godzilla. Se informa de la desaparición de un submarino nuclear, que más tarde se descubre que fue destruido por Godzilla. La hija de Tachibana, Yuri Tachibana, filma un docudrama con su equipo para BS Digital Q en el monte Myoko, donde ocurre un terremoto misterioso de forma aleatoria. El extraño terremoto vuelve más tarde esa noche, enterrando a una pandilla de motociclistas y dejando a un camionero sobreviviente que presencia al monstruo Baragon.

Japón es sumido en el caos cuando un monstruo del tamaño de un rascacielos emerge de las profundidades de la Bahía de Tokio y arrasa con la ciudad de Tokio.

Un monstruo marino prehistórico, que ha permanecido décadas aletargado después de que la humanidad tratara de destruirlo, se enfrenta a malvadas criaturas que, animadas por la arrogancia científica del hombre, amenazan la vida de la raza humana.

Durante el apogeo de la Segunda Guerra Mundial, se lleva a cabo la histórica "Batalla de Midway" en el teatro del Pacífico, enfrentando a aviones de combate estadounidenses contra tres buques de guerra japoneses aparentemente indestructibles.